申請認證的組織首先要綜合考慮各認證機構的性、信譽和費用等方面的因素，然后選擇合適的認證機構，并與其取得聯系，提出環境管理體系認證申請。認證機構接到申請方的正式申請書之后，將對申請方的申請文件進行初步的審查，如果符合申請要求，與其簽訂管理體系審核/注冊合同，確定受理其申請。

在證書有效期限內，認證機構對獲證企業進行監督檢查，以保證該環境管理體系符合ISO14001標準要求，并能夠切實、有效地運行。證書有效期滿后，或者企業的認證范圍、模式、機構名稱等發生重大變化后，該認證機構受理企業的換證申請，以保證企業不斷改進和完善其環境管理體系。